《东京地下城》讲述了一个连接现代东京与奇幻地底世界的冒险故事。在地面中学就读的少年留美奈，某天意外遇见了从地下城逃离出来的少女女巫Ruri及其忠诚的护卫Chelsea。Ruri身负强大的神秘力量，也正是这股力量让她成为地下城秘密组织“Company”的追捕目标。Company为了完成其统治地下世界的邪恶计划，决意抓回Ruri，并派出精锐大将Supei前往地面执行任务。面对步步紧逼的敌人，留美奈虽只是普通学生，却毅然决定用自己的信念与行动守护两位同伴。从繁华的东京街头到光怪陆离的地下城深处，他们不断遭遇来自Company的袭击，也结识了各具特色的地下城居民。随着冒险的展开，留美奈逐渐觉醒出意想不到的能力，而Ruri身上隐藏的秘密也愈发惊人。地上与地下两个世界的命运，因这场追逐而紧密相连。他们必须共同面对阴谋、歧视与战争阴影，在战斗中寻找真正的信任与羁绊。一部交织着友情、勇气与成长的热血奇幻物语，就此拉开序幕。