雨森始在父母意外身亡后，于医院结识了叔父的助手雪野弥生。她温柔而神秘，真实身份却是太阳系第十行星“拉美图惑星”派遣至地球的“1000年女王”。她的使命是调查人类，并为母星的“地球净化计划”铺路——当1999年9月9日零时9分9秒拉美图惑星最接近地球时，启动巨大机械，将地球文明彻底抹除。始在追寻真相的过程中，逐渐理解了弥生背负的沉重宿命。千年来的轮回让她不断见证人类的自私与愚昧，却也在始的纯真与坚韧中看到希望。两人共同面对来自拉美图星的追兵、同族背叛，以及时间不断逼近的末日钟声。始的亲情、友情与对弥生的特殊感情，能否跨越种族的隔阂，唤醒她内心对地球的认同？而弥生最终选择守护人类，还是执行毁灭指令？本作以壮阔的星际叙事、古典悲剧气质和松本零士特有的浪漫主义画风，展开一场关于爱与抉择的千年之旅。结局的震撼与余韵，使其成为日本科幻动画史上的经典篇章。