第六季延续电影《征服未来》的剧情，变种外星人从基因技术公司员工腹中破体而出，在都市中掀起腥风血雨。穆德和斯卡利奉命调查，意外接触到拥有读心能力的少年吉布森·普雷斯。吉布森的大脑能感知外星人的思维波，成为追踪异形猎手的关键。斯卡利通过实验证明了吉布森能力的真实性，而穆德则跟随他的指引深入废弃工厂，直面潜伏在阴影中的外星生物。与此同时，辛迪加集团的残余势力也在暗中活动，试图掩盖外星人即将大规模入侵的真相。吉布森的存在让各方势力虎视眈眈，穆德必须保护这个孩子，同时揭开变种外星人为何突然失控的谜团。随着调查深入，两人发现所谓的“变种”其实是外星猎手与人类基因融合的产物，它正以猎杀同类为使命，而背后还隐藏着更庞大的殖民计划。斯卡利在实验室中多次尝试解析外星DNA，却发现其结构超出已知科学范畴。本季在保持悬疑惊悚基调的同时，进一步拓展了阴谋论与科幻元素的边界，穆德与斯卡利的关系也在生死考验中愈发深刻。