第九季中，Doggett在遭受重重阻力的情况下，执着地调查环保署职员死亡事件。死者生前曾接触过一项涉及基因改造的秘密项目，其遗体呈现出无法用常规科学解释的异变特征。Scully通过法医鉴定发现，受害者的DNA中存在外星病毒痕迹，这让她联想到多年前的殖民计划。与此同时，Doggett与Reyes逐渐发现，调查背后有一股强大的政治势力在暗中阻挠，甚至不惜销毁证据、暗杀证人。两人深入追查，最终接触到一群自称“超级士兵”的改造人，他们受控于外星殖民者，试图通过生物技术取代人类高层。Scully在保护儿子William的过程中，被迫面对自身作为母亲与科学家的矛盾。她意识到，William可能是人类与外星基因融合的关键，而Doggett的调查意外揭开了这一真相。在季末，Scully带着William隐姓埋名，留下Doggett独自面对未知的威胁，而Mulder的失踪之谜也终于有了令人心碎的答案。