《海军罪案调查处第六季》紧接上季尾声，小组在主任珍妮·谢泼德中弹牺牲后陷入沉痛。麦克吉与蒂姆等人为填补空缺而努力，而托尼因前搭档之死决意远走以色列，留下悬念。本季剧情进一步深化角色命运，着重刻画了托尼与齐瓦之间的复杂情感。齐瓦在以色列执行任务时遭老对手本·萨伊德绑架，受尽折磨。托尼得知后不顾一切展开营救，在组长吉布斯带领下，全组深入敌后，最终将齐瓦救出。事件之后，托尼卸下心结，与前女友珍妮的往事逐渐浮现，个人成长线完整而动人。案件方面，本季涉及海军陆战队谋杀、网络间谍、生化武器等多个棘手事件，吉布斯团队在调查中不断遭遇内鬼与高层博弈，局势愈发紧张。新角色“猎犬”杰克逊的加入也为团队带来新活力。季末，一名神秘绑架者将齐瓦掠走，留下巨大悬念，为第七季埋下重磅伏笔。