第二季承接第一季结尾，X档案调查组被解散，穆德被发配从事电子监听，斯科莉则返回学院授课。然而，一桩涉及外星信号的异常事件迫使两人私下联手调查，并最终促使国会对X档案展开重新听证，使其得以恢复运作。本季中，穆德继续追索外星人存在的证据，陷入更深的政府阴谋漩涡；斯科莉则屡屡陷入危险境地，甚至一度被绑架，经历了一次神秘消失，令两人关系面临严峻考验。经典单集如《小绿人》《宿主》《不可接触者》等，在悬疑惊悚之外，也深入挖掘角色内心恐惧与信仰困境。本季在保持“怪物单元剧”与“外星主线”交织结构的基础上，进一步铺陈了后续季度的宏大阴谋，塑造了如“癌症人”等复杂反派，并凭借冷峻氛围、精妙剧本和两位主演的化学反应，成为《X档案》系列中备受推崇的一季，为科幻剧确立了标杆。