第二季紧接前作，米格尔·安赫尔·费利斯·加拉多已经成为墨西哥最有权势的毒枭，执掌瓜达拉哈拉贩毒集团。他的帝国蒸蒸日上，但维持帝国远比创建帝国更加血腥复杂。DEA探员华特·布雷斯林率领特别行动组，全力追查奇奇·卡马雷纳遇害案，一步步逼近费利斯。费利斯则试图与哥伦比亚卡利集团签订可卡因运输协议，并插手墨西哥政局，贿赂官员、操纵选举，企图把生意变成政治权力的一部分。然而，内外压力接连而来：老盟友拉斐尔·卡罗·金特罗和唐·内托的不满日益公开，贩毒集团内部为利益分配屡生冲突。费利斯不得不用更残忍的手段清洗异己，甚至出卖多年同伙，以换取政治保护。最终，费利斯选择在毒品战争的大洗牌中分裂市场，为各大毒枭划分地盘。这个决定看似延续了他的影响力，却彻底改变了墨西哥贩毒格局。当他在1989年于墨西哥城被捕时，曾经的帝国瞬间瓦解，留给这个国家的是难以遏制的暴力与混乱。